W Programie występują dwa rodzaje kosztów: koszty stypendiów i koszty zarządzania Programem.
Na sfinansowanie stypendiów tworzony jest fundusz stypendialny, na który złożą się środki pozarządowej organizacji lokalnej lub grupy nieformalnej, Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności, Narodowego Banku Polskiego oraz Fundacji Wspomagania Wsi. Fundusz gromadzony jest w Fundacji Edukacyjnej Przedsiębiorczości. Organizacja lokalna przekazuje do FEP kwotę, która wynika z liczby stypendystów zakwalifikowanych do Programu z danej organizacji lokalnej, jednorazowo (na początku edycji) lub za zgodą FEP, według indywidulanie ustalonego harmonogramu.
Koszty zarządzania Programem na poziomie organizacji lokalnej pokrywa organizacja ze środków własnych.
Koszty zarządzania Programem w FEP, w całości pokrywane są z grantu Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności.