Program będzie realizowany w trzech etapach:
- I etap – konkurs dla organizacji pozarządowych i grup nieformalnych działających lokalnie o udział w Programie,
- II etap – rekrutacja i kwalifikowanie kandydatów do Programu przez organizacje pozarządowe i grupy nieformalne zakwalifikowane do Programu,
- III etap – realizacja programu stypendialnego.
I etap realizowany jest przez Fundację Edukacyjną Przedsiębiorczości (FEP). Powołany zostanie Sąd Konkursowy, w którego skład wejdą przedstawiciele Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności i Fundacji Edukacyjnej Przedsiębiorczości. Sąd dokona kwalifikacji organizacji oraz grup nieformalnych, kandydujących do udziału w Programie. Organizacje i grupy nieformalne, które pomyślnie przejdą przez procedury konkursowe zostaną zaproszone do udziału w Programie. Zostaną dla nich zorganizowane warsztaty przygotowujące do realizacji Programu.
II etap realizowany jest w organizacji lokalnej lub grupie nieformalnej. Organizacja informuje o możliwości ubiegania się o stypendium pomostowe w swoim środowisku i zbiera wnioski od kandydatów w celu przyznania rekomendacji. Przyznanie rekomendacji powinno odbyć się na posiedzeniu lokalnej Komisji Stypendialnej, w terminie, który pozwoli kandydatom zalogować się i wypełnić, wymagany w procedurze ubiegania się o stypendium pomostowe, wniosek on-line. Kolejność ta jest istotna, gdyż do wypełnienia i złożenia formularza on-line, uprawnione są tylko te osoby, które już otrzymały rekomendacje lokalnej NGO. Po złożeniu wniosku w systemie, wydrukowaniu go i skompletowaniu załączników, kandydat składa dokumenty w siedzibie rekomendującej go lokalnej NGO. Lokalna Komisja Stypendialna, na podstawie określonych w regulaminie kryteriów, dokonuje ostatecznej oceny wniosków i wskazuje kandydatów do udzielenia stypendium. Pełną dokumentację kandydatów (wnioski ze wszystkimi załącznikami) wraz z protokołem Komisji Stypendialnej, organizacje lokalne przesyłają do FEP.
Organizacja może zgłosić do Programu tylu kandydatów, dla ilu jest w stanie zgromadzić środki na pokrycie 25% kosztu rocznego stypendium. Organizatorzy Programu zastrzegają sobie prawo określenia górnego limitu liczby zgłaszanych kandydatów.
III etap realizowany jest w FEP. Nadesłane dokumenty kontrolowane są pod względem formalnym (czy jest komplet dokumentów) i merytorycznym (czy dane zawarte w dokumentach są zgodne z danymi podanymi we wniosku i warunkami określonymi w Regulaminie przyznawania i przekazywania stypendiów). Komisja Stypendialna powołana przez FEP, rozpatruje przedłożone wnioski, odrębnie dla każdej organizacji lokalnej i podejmuje ostateczną decyzję o przyznaniu stypendiów. Jest to równoznaczne z przyznaniem dofinansowania dla tych stypendiów w wysokości 75% wartości stypendium ze środków Programu – grantu Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności. FEP informuje o decyzji Komisji Stypendialnej stypendystów, Fundatorów oraz organizacje uczestniczące w Programie. Następuje podpisanie umów pomiędzy FEP a organizacjami lokalnymi. Dokumenty potwierdzające przyznanie stypendiów pomostowych, przygotowane przez FEP, przekazywane są stypendystom przez organizacje lokalne i grupy nieformalne podczas lokalnych uroczystości. Organizacje rekomendujące kandydatów do udziału w Programie współpracują ze stypendystami. Stypendia są przekazywane przez FEP na indywidualne konta stypendystów. FEP prowadzi i odpowiada za całą dokumentację, która towarzyszy realizacji programu stypendialnego, w tym także za dokumentację dla organów skarbowych.